バイオ実験の失敗学 01

「あぁー！また失敗だー」

 

 

(http://www.opiniomics.org/we-need-to-stop-making-this-simple-fcking-mistake/)

公開されているゲノムシークエンスにはシークエンスアダプターやPhiXの配列が混入している場合がある。

公然の秘密のようなものだが、それをネタに論文を書いたツワモノもいる。

 

人間ならばちょくちょく間違いを犯してしまうものだ。

最近ブログ主がやってしまった間違いを2つ。

 

1. TaqManプローブ解析に非Taqのポリメラーゼを使ってしまった

 

最近使うポリメラーゼを変えたばかりだった。たまたま変えたポリメラーゼが、5'→3'エキソヌクレアーゼ活性がないものであった。その酵素でTaqManプローブ解析をやってものの、なんどやってもシグナルが得られない。

「あれ？プローブでも入れ忘れたかなぁ」

と、無駄な実験を繰り返してしまった。Taqポリメラーゼに変えたら、無事にシグナルが得られた。

 

2. SybrGreenでPCR増幅がジャマされると知らずPCR失敗

 

以前に、SybrGreenでWGA(whole genome amplification)をモニター出来た。なので通常のPCR増幅もモニター出来るかと試して見たが、シグナルも得られないし、増幅もしない。どうやら

SybrGreenが長い断片(特に1Kb以上)の増幅を妨げるようだ。SybrGreenを入れずに同じ条件で実験をしたら、増幅が見られた。

 

まとめ: TaqManプローブ解析の時には、5'→3'エキソヌクレアーゼ活性のある酵素か確認を。

SybrGreenを入れてもいいのは、ターゲットが500bpぐらいまで。