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任期付き助教は、任期付き羊の夢をみるか?

任期制を導入した人たちは、任期付き羊の夢など見ないだろう。

バイオ実験の失敗学 01

学生向け 専門の人向け
「あぁー!また失敗だー」
 
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公開されているゲノムシークエンスにはシークエンスアダプターやPhiXの配列が混入している場合がある。
公然の秘密のようなものだが、それをネタに論文を書いたツワモノもいる。
 
人間ならばちょくちょく間違いを犯してしまうものだ。
最近ブログ主がやってしまった間違いを2つ。
 
1. TaqManプローブ解析に非Taqのポリメラーゼを使ってしまった
 
最近使うポリメラーゼを変えたばかりだった。たまたま変えたポリメラーゼが、5'→3'エキソヌクレアーゼ活性がないものであった。その酵素でTaqManプローブ解析をやってものの、なんどやってもシグナルが得られない。
「あれ?プローブでも入れ忘れたかなぁ」
と、無駄な実験を繰り返してしまった。Taqポリメラーゼに変えたら、無事にシグナルが得られた。
 
2. SybrGreenでPCR増幅がジャマされると知らずPCR失敗
 
以前に、SybrGreenでWGA(whole genome amplification)をモニター出来た。なので通常のPCR増幅もモニター出来るかと試して見たが、シグナルも得られないし、増幅もしない。どうやら
SybrGreenが長い断片(特に1Kb以上)の増幅を妨げるようだ。SybrGreenを入れずに同じ条件で実験をしたら、増幅が見られた。
 
まとめ: TaqManプローブ解析の時には、5'→3'エキソヌクレアーゼ活性のある酵素か確認を。
SybrGreenを入れてもいいのは、ターゲットが500bpぐらいまで。