シークエンサーのコンピュータが実はスゴい - 任期付き助教は、任期付き羊の夢をみるか？

ショーンK事件とアップル新製品発表の記事が続いてしまって、久々となるシークエンスの話題。

高性能なコンピュータが無ければNGSのデータ解析は出来ないと思われがちだが、市販のコンピュータでも目的によってはかなり対応できる。

例えばMiSeqでの数百メガベースゲノムのリシークエンスであれば、core i5程度のノートパソコンでもマッピングは可能だ。

実はHiSeqやMiSeqなどのシークエンサーがあれば、わざわざ解析用のコンピュータを買う必要は無い。

シークエンサー付属のコンピュータの性能が良いからだ。

イルミナのシークエンサーに付属しているコンピュータの性能(CPU/メモリ)は、

HiSeqが、Xeon E5-2697 v2 2.7GHz/128Gbで、

NextSeqが、Xeon E5-2448L 0 1.8GHz/96Gbで、

MiSeqが、Core i7 2710 QE 2.1GHz/16Gb だ。

HiSeqのCPUは発売から数年経っているようだが、現在でもトップクラスの処理能力を誇る。

MiSeqのものでさえ、MacBook proのCore i7より高性能だ。

MSS社のサイトでは、2.5GHzの4コアXeon*を用いて、10Mリードの2x75bp(1.5Gbp相当)のヒトゲノムへのマッピングが200分で終了したと紹介されている。

*詳細は不明だが、NextSeqのCPUよりも劣るものだと思われる

このMSS社のデータを元にすれば、NextSeqから出た2x75bpの400Mリードも、NextSeqのコンピュータを使えば6日以内でマッピングが完了する。

(ただし、シークエンス自体は18時間しかかからない)

もちろん、ラージゲノムへのマッピングは時間のかかる作業で、より簡単な解析であればより短時間で完了できる。

また、上述のようにMiSeqのデータならば、ノートパソコンでも解析可能であり、MiSeq自体のコンピュータでデータ処理も可能だろう。

つまりは、それぞれのシークエンサーに付属しているコンピュータは、そのシークエンサーから出されるデータを解析できるぐらいの性能をおどらく持っているのだ。

(もちろんde novoアッセンブリのような解析は無理だろうけど)

Windowsベースになってしまうが、解析用コンピュータが混み合っている時にはシークエンサー自体を予備コンピュータとしても使うという選択肢もある。